Studi Kekerabatan Tetua Persilangan dan Polimorfisme Marka Mikrosatelit pada Bawang Merah (Allium cepa var ascalonium L. (Back))

Abstract

Bawang merah merupakan salah satu tanaman hortikultura yang memiliki nilai ekonomi tinggi sebagai bumbu masakan. Ketersediaan bawang merah seringkali bersifat fluktuatif akibat pengaruh cuaca serta serangan hama dan penyakit yang berakibat terjadinya lonjakan harga di pasaran. Busuk pangkal umbi atau moler yang disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum f. sp. cepae merupakan salah satu penyakit penting pada bawang merah yang secara signifikan dapat menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu, perakitan varietas unggul baru (VUB) bawang merah yang memiliki karakter ketahanan terhadap penyakit tersebut perlu terus diupayakan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kekerabatan empat genotipe bawang merah menggunakan 40 pasang marka mikrosatelit dan menganalisis polimorfisme dari marka-marka tersebut. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret hingga Agustus 2018 di Laboratorium Biologi Molekuler BB Biogen, Bogor. Hasil amplifikasi diskor sebagai data biner dan dianalisis menggunakan perangkat lunak NTSYS dan PowerMarker. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keempat varietas bawang merah mengelompok menjadi dua klaster utama pada koefisien kemiripan genetik 0,58. Berdasarkan hasil estimasi nilai jarak genetik, sebanyak lima kombinasi tetua persilangan, yaitu antara varietas Mentes dan Sembrani (jarak genetik sebesar 45%), Mentes dan Tiron (jarak genetik sebesar 46%), Sembrani dan Kuning (jarak genetik sebesar 41%), Sembrani dan Tiron (jarak genetik sebesar 29%), serta Kuning dan Tiron (jarak genetik sebesar 37%) direkomendasikan sebagai kombinasi persilangan yang ideal untuk perakitan VUB tahan terhadap penyakit busuk umbi Fusarium. Di antara 40 marka yang digunakan, sebanyak 25 marka bersifat polimorfik dan akan menjadi bagian set marka molekuler yang akan digunakan dalam pemetaan gen terkait karakter ketahanan Fusarium ke depannya.
Kata kunci: bawang merah (Allium cepa var ascalonium L. (Back)), mikrosatelit, marka molekuler, kekerabatan